南京商業學校在管理體制建設探索的過程中，初步設計建構的具體模式可以概括表述為“三責并立、三位一體”：“三責并立”，指在校長室的統一領導和指揮下，系部“承辦”，負辦學主體責任；處室“考核”，負辦學主導責任；教學診斷與評估中心進行“診斷與評估”，負辦學“主線責任”。三類部門，三種權力責任相對獨立；“三位一體”，指系部、處室、教學診斷與評估中心這三個方面是既相互獨立又相互依存的不可分割的統一整體，又是在校長室的統一領導領導和指揮下，心往一處想，勁往一處使，同心同德的戰斗集體和管理服務團隊。

“三責并立、三位一體”的行政結構，是對實現職業教育治理現代化轉型的內部路徑的積極探索，是一種以校長室為樞紐的職能處室執行模式，既區別于高職院校高效管理模式，又具有南京商業學校的運行特色。